La Commission est soumise à une obligation de loyauté dans la recherche de la preuve. Celle-ci lui impose de faire connaître à l'entreprise concernée l'objet de l'enquête, notamment en indiquant clairement les présomptions qu'elle entend vérifier, afin que les personnes interrogées ne se méprennent pas sur la portée des déclarations qu'elles pourraient faire et qui pourraient être utilisées contre elles. La Commission doit ainsi préciser dans la décision d'inspection ce qui est recherché et les éléments sur lesquels doit porter l'inspection. L'autorité européenne n'est toutefois pas tenue de communiquer toutes les informations dont elle dispose à propos d'infractions présumées, ni de procéder à une qualification juridique rigoureuse de ces infractions.
Elle peut, également, sans violer l'obligation de loyauté, utiliser comme indices pour ouvrir une nouvelle procédure les documents obtenus dans une première affaire, en demander une nouvelle fois communication, et les utiliser comme moyens de preuve dans cette seconde affaire. En revanche, elle ne saurait, préalablement à la conduite d'une inspection, informer ses agents de l'existence d'une autre plainte concernant une filiale de l'entreprise visitée, et les inciter ainsi à saisir des documents étrangers à l'objet de la mesure tel que délimité par sa décision.
Par ailleurs, il n'existe pas, en droit de l'Union, de dispositions qui interdiraient à la Commission d'utiliser des informations et des éléments de preuve soumis par une entreprise dans le cadre d'une demande d'immunité, même si l'avocat qui a assisté cette dernière a violé l'interdiction de double représentation ou l'obligation de loyauté à l'égard de ses anciens clients.
Enfin, le juge de l'Union admet l'utilisation en tant que moyen de preuve d'un enregistrement illégal, y compris lorsque cet élément de preuve a été obtenu par un tiers en violation des exigences de l'article 8 CEDH, lorsque la partie en cause n'a été privée ni d'un procès équitable, ni de ses droits de la défense et que cet élément n'a pas constitué le seul moyen de preuve retenu pour fonder la condamnation.
