Dans l'ordre juridique européen, la reconnaissance d'un droit au respect de la vie privée et du domicile s'impose pour le domicile privé des personnes physiques en tant que principe commun au droit des États membres. Pour s'opposer au droit d'accès dans leurs locaux des agents de la Commission, des entreprises ont tenté d'invoquer ce droit fondamental de la défense. Cependant, la Cour de justice refuse d'étendre aux locaux commerciaux le principe de l'inviolabilité du domicile. Elle estime que l'inviolabilité des locaux commerciaux ne constitue pas un principe commun aux États membres, dès lors que les différents systèmes juridiques divergent quant à la nature et au degré de protection des locaux des entreprises face aux interventions des autorités publiques. Ensuite, l'article 8 CEDH, généralement invoqué par les requérants ne concerne que l'épanouissement de la liberté personnelle de l'homme. La Cour n'admet donc pas l'existence d'un droit fondamental à l'inviolabilité du domicile en ce qui concerne les entreprises. Elle ne reconnaît qu'un droit à la protection des locaux commerciaux contre les interventions de l'autorité publique qui seraient arbitraires ou disproportionnées. Le règlement 1/2003 consacre indirectement cette jurisprudence en autorisant les inspections dans tous les locaux où la Commission soupçonne la détention de livres ou autres documents professionnels, y compris le domicile des chefs d'entreprise, des dirigeants et des autres membres du personnel.
L'intégration de la Charte des droits fondamentaux dans le bloc de légalité de l'Union a paru offrir aux entreprises un nouveau fondement pour s'opposer aux intrusions domiciliaires. En effet, selon l'article 7 de la Charte, “toute personne a droit au respect de sa vie privée et familiale, de son domicile et de ses communications”. Cependant, dans une affaire où des entreprises soutenaient que les visites effectuées sans mandat judiciaire préalable violaient ce texte, ainsi que l'article 8 CEDH, le juge européen a, tout en retenant que les inspections constituaient une ingérence “évidente “dans le respect de la vie privée, du domicile et des correspondances, estimé qu'elles ne portaient pas atteinte aux principes fondamentaux dès lors que la Commission est soumise à l'obligation de motiver sa décision d'inspection et qu'il existe des voies de recours a posteriori.
En pratique, l'accès aux locaux n'est source de conflit que lorsque l'entreprise s'oppose à l'inspection. Dans cette hypothèse, les agents de la Commission peuvent en effet rechercher, sans la collaboration des entreprises, les éléments d'information nécessaires avec le concours des autorités nationales, qui sont tenues de fournir leur assistance. Les droits de la défense de l'entreprise sont alors régis par le droit national qui détermine les modalités procédurales appropriées. La Commission doit respecter ces règles nationales et fournir à l'instance compétente tous les éléments nécessaires pour exercer le contrôle qui lui est propre. Ce contrôle est cependant limité. En effet, s'il appartient à l'instance nationale de vérifier que les mesures de contrainte envisagées ne sont pas arbitraires ou excessives par rapport à l'objet de la vérification, elle ne peut en aucun cas substituer sa propre appréciation du caractère nécessaire de la procédure d'investigation à celle de la Commission.
Cette limitation du rôle du juge judiciaire national dans sa mission de contrôle va à l'encontre de la conception de certains droits internes des États membres, tels que la France. En effet, les articles L. 450-3 et L. 450-4 du Code de commerce exigent préalablement à toute visite domiciliaire une autorisation judiciaire impliquant une vérification du bien-fondé de la demande. Il apparaît dès lors difficile d'imposer au juge national de se limiter au seul examen du caractère arbitraire ou disproportionné de la mesure demandée par la Commission, sans contrôler le caractère suffisant des présomptions.
