Constituent les principes généraux du droit de l'Union les droits fondamentaux qui correspondent aux droits garantis par la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'Homme et des libertés fondamentales et à ceux issus des traditions constitutionnelles communes aux États membres et qui s'imposent tant à l'Union qu'à ses États membres.
La sauvegarde des droits fondamentaux doit être assurée dans le cadre de la structure et des objectifs de l'Union. Selon la Cour de justice, toute atteinte éventuelle aux droit fondamentaux par un acte institutionnel de l'UE doit être appréciée dans le cadre du droit européen lui-même, dès lors que la prise en considération de critères d'appréciation relevant de la législation ou de l'ordre constitutionnel d'un Etat membre déterminé porterait atteinte à l'unité matérielle et à l'efficacité du droit européen, tout en mettant en péril la cohésion de l'Union. En outre, les Etats membres, lorsqu'ils mettent en œuvre les réglementations européennes, doivent dans toute la mesure du possible, appliquer ces réglementations dans des conditions qui ne méconnaissent pas les exigences découlant de la protection des droits fondamentaux dans l'ordre juridique européen. La liberté d'expression consacrée par l'article 10 de la CEDH, la protection de la vie privée et du secret médical, l'égalité de traitement, la non-discrimination, la protection du droit de propriété, ou de la confiance légitime et de la sécurité juridique, à condition que l'Union ait créé au préalable une situation susceptible d'engendrer celle-ci, constituent des principes fondamentaux qui prévalent sur les règles nationales.
Inversement, des mesures nationales imposant des restrictions à la libre circulation peuvent être validées en application de principes généraux du droit de l'Union. Ainsi, selon la Cour de justice, la protection de droits fondamentaux, tels que les libertés d'expression et de réunion peut justifier une restriction à la libre circulation des marchandises.
La Charte des droits fondamentaux de l'Union européenne, proclamée le 7 décembre 2000, à laquelle le traité de Lisbonne a conféré même valeur juridique qu'aux Traités, reprend les droits et libertés fondamentales reconnus par la Convention européenne des droits de l'Homme, les traditions constitutionnelles des États membres, la Charte sociale européenne du Conseil de l'Europe et le Comité européen des Droits sociaux ainsi que d'autres conventions internationales auxquelles adhèrent l'Union européenne ou ses États membres, tout en enrichissant cette liste dans certains domaines nouveaux tels que la bioéthique ou la protection des données à caractère personnel, la lutte contre les discriminations en fonction de la race, du sexe, de la fortune, de la naissance, du handicap, de l'âge et de l'orientation sexuelle. Elle comporte 54 articles, répartis entre six valeurs individuelles et universelles constituant le socle de la construction européenne : dignité, liberté, égalité, solidarité, citoyenneté et justice. Si les nouveaux textes du droit de l'Union se réfèrent de façon accrue à la Charte des droits fondamentaux qui tend ainsi à se substituer progressivement aux principes généraux du droit, ceux-ci n'en continuent pas moins d'occuper une place importante dans la jurisprudence de la Cour de justice.
