Énoncé pour la première fois dans l'arrêt Cassis de Dijon, le principe de reconnaissance mutuelle, a fait l'objet d'une communication interprétative de la Commission et joue un rôle essentiel dans le fonctionnement du marché intérieur. Selon la Commission, il constitue “un puissant facteur d'intégration économique qui s'inscrit dans le respect de la subsidiarité”, car il permet d'assurer la libre circulation dans les secteurs non harmonisés ou partiellement harmonisés, évitant ainsi la mise en place systématique d'une réglementation détaillée au niveau européen tout en favorisant le respect des traditions locales, régionales et nationales et le maintien de la diversité des produits.
En pratique, le principe de reconnaissance mutuelle oblige chaque État membre à accepter les produits légalement fabriqués et/ou commercialisés dans les autres États membres et qui ne font pas l'objet d'une mesure d'harmonisation européenne, même si les prescriptions techniques ou qualitatives diffèrent de celles imposées à ses propres produits, dès lors qu'un niveau équivalent de protection des divers intérêts légitimes en jeu est assuré. Les seules exceptions à ce principe consistent dans des restrictions justifiées par les motifs énoncés à l'article 36 TFUE, ou d'autres exigences impératives d'intérêt public et proportionnées à l'objectif qu'elles poursuivent. Autrement dit, un État membre ne peut refuser la commercialisation d'un produit en l'état que s'il établit que cette mesure est justifiée pour des raisons de sécurité publique, de santé ou de protection de l'environnement, conformément à l'article 36 TFUE, ou si la réglementation nationale en cause est nécessaire, poursuit un but d'intérêt général et est essentielle pour atteindre ce but.
L'application du principe de reconnaissance mutuelle a fait l'objet de plusieurs Communications de la Commission et d'un règlement 764/2008 du 9 juillet 2008 établissant les procédures relatives à l'application de certaines règles techniques nationales à des produits commercialisés légalement dans un autre État membre, dit “Règlement sur la reconnaissance mutuelle” qui a pour objet objet de mettre en place des procédures permettant de limiter la possibilité que des règles techniques créent des obstacles illégaux à la libre circulation des marchandises entre les États membres. Pour ce faire, il définit les droits et les obligations des autorités des États membres et des entreprises lorsque ces autorités entendent refuser la reconnaissance mutuelle et l'accès au marché d'un produit commercialisé légalement dans un autre État membre. Les autorités nationales compétentes sont tenues de notifier à l'opérateur économique concerné leur intention de prendre, sur la base d'une règle technique, toute mesure - à l'exception des décisions judiciaires - faisant obstacle à la libre circulation d'un produit ou d'un type de produit légalement fabriqué ou commercialisé dans un autre État membre, qui a pour effet, direct ou indirect, l'interdiction de sa mise sur le marché, sa modification ou la réalisation d'essais supplémentaires avant sa mise, son maintien ou son retrait du marché. L'opérateur dispose d'un délai minimum de vingt jours ouvrables pour soumettre des observations. La décision adoptée est ensuite notifiée à l'opérateur en cause et à la Commission. En l'absence d'un risque grave pour la sécurité et la santé des utilisateurs ou de raisons de moralité ou de sécurité publique, la commercialisation du produit visé ne sera pas suspendue au cours de la procédure. Un contrôle préventif des projets de règles techniques a également été instauré par la directive 2015/1535 du 9 septembre 2015 prévoyant une procédure d'information dans le domaine des réglementations techniques et des règles relatives aux services de la société de l'information, qui soumet désormais les États membres à une obligation de notification préalable.