Le preneur peut être tenu de verser une somme, indépendamment du loyer, qui constitue soit un loyer payé d’avance si les parties ont convenu qu’elle s’applique aux derniers termes de loyer, soit un dépôt de garantie si le versement de cette somme est destiné à garantir la bonne exécution des obligations du preneur. Le bailleur conserve cette somme pendant toute la durée du bail commercial jusqu’à son expiration où il doit la restituer au preneur, déduction faite des éventuels manquements de ce dernier au regard de ses obligations tirées du bail. Les parties sont libres de fixer le montant du dépôt de garantie et de le réviser en cours de bail ou lors de son renouvellement, même si celui-ci est en pratique limité à deux termes de loyer. A l’expiration du bail commercial, et sous réserve que le preneur ait rempli l’ensemble de ses obligations, le bailleur est tenu de lui restituer le dépôt de garantie. Le preneur, qui est redevable des loyers jusqu’à la date de prise d’effet du congé, période de préavis comprise, ne peut en aucun cas compenser le loyer avec les sommes versées à titre de garantie au bailleur. Les parties peuvent organiser la restitution du dépôt de garantie et prévoir conventionnellement que les sommes versées resteront acquises au bailleur à titre de dommages-intérêts en cas de résiliation du bail.