Le principe de libre circulation implique de supprimer tous les obstacles nationaux à la libre circulation des marchandises au sein du marché intérieur. L'applicabilité des articles 34 à 36 TFUE dépend toutefois du degré d'harmonisation européenne, qui, en levant certains obstacles, permet de prévenir, avant tout contentieux, les entraves techniques aux échanges.
Les rédacteurs du Traité ont défini trois instruments d'harmonisation : les règlements, les directives et les conventions internationales. La directive permet de coordonner les législations des États membres et de supprimer les obstacles à la liberté de circulation. L'intensité de l'harmonisation par voie de directive varie dans le temps et selon le secteur concerné. Afin de relancer l'harmonisation en Europe sur de nouvelles bases, la Commission, dans sa communication Harmonisation technique et normalisation de 1985, a proposé de se limiter à légiférer sur les exigences essentielles applicables aux produits et en déléguant l'adoption de normes non contraignantes à des organismes européens ou internationaux de normalisation, mais en compromettant l'objectif d'unification des législations. Cette nouvelle approche a inspiré de nombreuses directives d'harmonisation minimale qui ont permis aux États membres de garantir un niveau de protection plus élevé à leurs nationaux. Aujourd'hui les autorités européennes recourent de plus en plus à des directives d'harmonisation maximale, qui privent les États membres de la possibilité de conserver des dispositions nationales plus protectrices.
Dans les cas qui ne sont ni encadrés ni définis par des mesures d'harmonisation, les articles 34 à 36 TFUE conservent leur empire et permettent de combler les lacunes de l'harmonisation. Le principe de reconnaissance mutuelle joue alors tout son rôle, car il oblige, dans tout secteur non harmonisé, chaque État membre à accepter sur son territoire des marchandises commercialisées légalement dans un autre État membre. En l'absence de règles communes ou harmonisées, il appartient aux États membres d'adopter, chacun pour son territoire, les règles concernant les caractéristiques de composition, fabrication et commercialisation de produits, à condition qu'elles ne soient pas de nature à créer des discriminations au détriment de produits importés ni à entraver l'importation de produits provenant d'autres États membres.
Lorsqu'une directive technique opère une harmonisation exhaustive, les États membres sont tenus d'accepter la mise sur le marché national d'un produit importé d'un autre État membre dès lors qu'il remplit les conditions visées dans le texte européen, sans pouvoir imposer d'autres conditions. De même, les restrictions d'importations admises au titre de l'article 36 TFUE ne peuvent recevoir application lorsque des directives européennes prévoient l'harmonisation des mesures nécessaires à la réalisation de l'objectif spécifique que poursuit cet article.
Lorsqu'après l'adoption d'une mesure d'harmonisation, un État membre estime nécessaire (i) de maintenir des dispositions nationales justifiées par des exigences importantes visées à l'article 36 TFUE ou relatives à la protection de l'environnement ou du milieu de travail ou (ii) d'introduire des dispositions nationales fondées sur des preuves scientifiques nouvelles relatives à la protection de l'environnement ou du milieu de travail en raison d'un problème spécifique surgi après l'adoption de la mesure d'harmonisation, l'article 114 TFUE lui permet de notifier ces mesures à la Commission, en indiquant les raisons de leur maintien ou de leur adoption. La Commission doit se prononcer dans les six mois de la notification. Avant d'approuver ou rejeter les dispositions nationales en cause, elle vérifie que celles-ci ne constituent pas une discrimination arbitraire, une restriction déguisée ou une entrave au fonctionnement du marché intérieur.
