Les services d'instruction de l'Autorité de la concurrence comme les services du ministre de l'Économie disposent du pouvoir discrétionnaire d'engager une procédure d'enquête. Aucune disposition législative ou réglementaire ne leur impose de justifier leur décision. Le principe de l'opportunité d'enquêter, d'abord limité aux investigations menées dans le cadre de l'article L. 450-3 du Code de commerce, a été étendu, par la suite, aux visites et saisies de l'article L. 450-4.
A l'instar du droit européen, l'Autorité de la concurrence a le libre choix de la mesure d'investigation. L'Administration n'a pas à rendre compte de son choix de recourir à la procédure de l'article L. 450-4 du Code de commerce qui n'a pas un caractère subsidiaire par rapport aux autres procédures qui peuvent être utilisées et dont le déroulement est de nature à assurer la préservation des preuves. Néanmoins, l'absence totale de traces écrites de la pratique recherchée et l'urgence d'éviter le dépérissement des preuves peuvent toujours être invoquées pour justifier le recours à l'enquête lourde plutôt qu'à l'enquête simple.
