Selon l'article 6 CEDH, toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue par un tribunal impartial et indépendant. Les poursuites engagées par l'Autorité de la concurrence, assimilables à une accusation en matière pénale, doivent obéir à ce principe. Le principe d'impartialité s'oppose à la confusion des rôles d'instruction et de jugement. Ainsi, selon la Cour de cassation, les membres de l'Autorité qui se sont prononcés sur le caractère prohibé d'une partie des faits dénoncés dans le cadre de mesures conservatoires ne peuvent rendre à nouveau une décision au fond sans manquer objectivement au principe d'impartialité. Cependant, le seul constat que le rapporteur a assisté au délibéré sur les mesures conservatoires avant d'instruire la procédure au fond ne suffit pas à démontrer la violation du principe d'impartialité. Aussi, la présence dans la formation de l'Autorité de la concurrence de membres ayant précédemment délibéré sur l'avis rendu sur les mêmes faits n'est-elle pas contraire au principe d'impartialité dès lors qu'aucun des termes de l'avis ne s'apparente à un préjugement.
Seule compétente pour apprécier la compatibilité des comportements et actes des entreprises aux règles de concurrence, l'Autorité, saisie de faits qui lui ont déjà été soumis lors d'une décision antérieure juridiquement inexistante, peut aussi, sans porter atteinte au principe d'impartialité, épuiser sa saisine quant aux griefs subsistants notifiés aux parties et maintenus dans le rapport, alors en outre que la formation statuant dans la nouvelle procédure sur les mêmes griefs est différente de celle dont la décision a été déclarée inexistante. Le principe d'impartialité n'est pas non plus remis en cause par la faculté réservée à l'Autorité de la concurrence de demander à la juridiction d'instruction, qui seule peut en décider, communication des procès-verbaux ou rapports d'enquête ayant un lien direct avec des faits dont l'Autorité est saisie.
Enfin, l'Autorité de la concurrence et la Cour d'appel de Paris ont estimé que la saisine d'office ne viole pas le principe d'impartialité dès lors qu'elle ne constitue qu'une modalité de dévolution à l'Autorité de la concurrence des faits relatés dans une demande de clémence et qu'elle intervient nécessairement après l'avis de clémence pris sur proposition du rapporteur général. Le Conseil constitutionnel a également estimé que la saisine d'office de l'Autorité de la concurrence ne viole pas le principe d'indépendance et d'impartialité dès lors qu'elle est entourée de garanties suffisantes, telle l'instruction de l'affaire sous la seule direction du rapporteur général ou l'absence de ce dernier au délibéré du collège. En outre, la saisine d'office ne constitue pas un préjugement au sens de l'article 6 CEDH lorsqu'elle ne désigne aucun marché, aucun opérateur, ni aucun fait prohibé.
