La procédure en manquement pour non-respect d'une décision négative, violation d'une décision d'injonction ou non-respect d'une décision d'approbation, fondée sur l'article 108 TFUE, paragraphe 2, est accélérée par rapport au recours en manquement de l'article 258 TFUE. La Commission, qui n'a pas à émettre d'avis motivé puisqu'une décision a déjà été prise, peut saisir directement la Cour de justice. Il s'agit d'une faculté et non d'une obligation : la Commission dispose d'un pouvoir discrétionnaire d'appréciation excluant le droit de quiconque d'exiger qu'elle prenne position dans un sens déterminé.
La procédure de l'article 108 TFUE, paragraphe 2, se déroulant sans phase précontentieuse, le manquement à l'obligation s'apprécie à la date fixée dans la décision dont l'exécution est contestée ou, le cas échéant, à celle fixée par la suite par la Commission. L'État membre ne peut exciper de l'existence d'un recours en annulation pendant pour justifier son inexécution. L'illégalité de la décision de récupération d'une aide d'État ne peut pas davantage être soulevée en défense par l'État membre concerné dans le cadre d'un recours en manquement sur le fondement de l'article 108 TFUE, paragraphe 2. L'État membre ne peut invoquer comme moyen de défense que l'impossibilité absolue d'exécuter correctement la décision.
L'État membre peut être condamné à verser une astreinte d'un montant correspondant à la multiplication du montant de base par le pourcentage des aides non récupérées ou dont la récupération n'a pas été prouvée à l'issue de la période concernée, calculée par rapport à la totalité des montants non encore récupérés à la date du prononcé de l'astreinte.