L'article 101, paragraphe 2, TFUE dispose que les accords ou décisions qu'il interdit sont nuls de plein droit. Or, la Commission dispose d'un pouvoir de décision strictement défini. Elle est investie du pouvoir de prononcer des mesures provisoires, des injonctions, ou des sanctions pécuniaires, mais n'a pas compétence pour prononcer la nullité d'accords contraires à l'article 101 TFUE. Ce texte confère aux juridictions nationales le pouvoir de prononcer la nullité des clauses contractuelles anticoncurrentielles.
La nullité de plein droit de l'article 101 TFUE, paragraphe 2, revêt un caractère absolu. Tout particulier est susceptible de s'en prévaloir, même lorsqu'il est partie à l'entente. Elle s'applique aux seuls éléments de l'accord frappés par l'interdiction ou à l'accord dans son ensemble si ces éléments n'en paraissent pas séparables. Lorsque les clauses incompatibles sont séparables du contrat lui-même, les conséquences de leur nullité de plein droit à l'égard des autres éléments du contrat relèvent du droit national applicable. La mise en conformité avec le droit européen de la clause ayant entraîné la nullité de plein droit du contrat peut éventuellement restaurer la validité de l'ensemble si le droit national le permet. L'illégalité d'une pratique concertée n'exerce en revanche aucune influence sur les contrats conclus pour la mettre en œuvre, car la nullité de plein droit de l'article 101, paragraphe 2, ne concerne que les accords entre entreprises ou décisions d'associations d'entreprises interdits en vertu de son paragraphe 1.
Enfin, si des clauses ne sont pas nulles du seul fait de l'entrée en vigueur d'un nouveau règlement d'exemption, leur non-conformité peut amener le juge national à en prononcer la nullité, dès lors qu'elles ne remplissent pas les conditions de l'exemption.
