En vertu de l'article 49 de la Charte des droits fondamentaux de l'Union, nul ne peut être condamné pour une action ou une omission qui, au moment où elle a été commise, ne constituait pas une infraction selon le droit national ou le droit international, ou se voir infliger une peine plus forte que celle qui était applicable au moment où l’infraction a été commise. Le pouvoir de sanction conféré à la Commission en cas de violation des articles 101 et 102 TFUE doit être exercé conformément à ce principe.
Le principe de légalité des peines a pour corollaire celui de sécurité juridique, qui interdit à la Commission de remettre en cause de manière imprévisible des situations acquises, et le principe de protection de la confiance légitime, qui peut être invoqué par les entreprises auprès desquelles une institution a fait naître des espérances fondées, en leur fournissant des assurances précises. Souvent invoquée par les entreprises, l'applicabilité de ces principes est très rarement reconnue par le juge de l'Union.
