La procédure administrative se décompose en une phase écrite, au cours de laquelle peuvent être proposés des engagements ou une transaction, et une phase orale. Elle se conclut par l'adoption de la décision finale.
Les entreprises informées d'une enquête les concernant peuvent prendre contact avec la direction générale de la concurrence à tout moment pour vérifier la volonté de la Commission de poursuivre l'instruction de l'affaire en vue d'adopter une décision sur des engagements. La Commission encourage les entreprises à signaler dès que possible leur intérêt pour la négociation d'engagements. Elle propose alors une réunion-bilan aux parties au cours de laquelle elle leur indique le délai dans lequel il convient de conclure la négociation sur des engagements potentiels et expose les problèmes de concurrence recensés à titre préliminaire au terme de son enquête. Une fois convaincue de la volonté de l'entreprise d'offrir des engagements qui remédieront effectivement aux problèmes de concurrence, la Commission rend une évaluation préliminaire. Ce document synthétise les faits marquants de l'affaire et recense les problèmes de concurrence qui justifieraient une décision exigeant la cessation de l'infraction. L'évaluation préliminaire sert de base aux parties pour formuler des engagements appropriés remédiant aux problèmes de concurrence constatés par la Commission, ou pour mieux définir des engagements préalablement débattus. Dans certains cas, des engagements peuvent encore, si nécessaire, être acceptés alors qu'une communication des griefs a déjà été adressée aux parties. Dans de telles circonstances, la communication des griefs fait office d'évaluation préliminaire (V. Procédure d'engagements).
Après l'ouverture de la procédure, la Commission peut impartir aux parties un délai de deux semaines pour lui faire part, par écrit, de leur volonté de participer à des discussions en vue d'aboutir à une transaction (Règl. 773/2004, art. 10 bis). Lorsque des parties acceptent d'entamer des discussions avec la Commission, celle-ci peut décider de poursuivre des contacts bilatéraux. L'autorité européenne communique aux parties les griefs qu'elle envisage de retenir à leur encontre, les preuves dont elle dispose, les versions non confidentielles des documents accessibles au dossier, une fourchette des amendes encourues. Lorsqu'un consensus se fait jour, à l'issue des discussions, sur l'étendue des griefs et le montant de l'amende envisagée, et que la Commission estime plus efficace de recourir à la procédure de transaction, elle accorde un délai minimum de quinze jours ouvrables aux parties pour présenter des propositions de transaction qui reflètent les discussions menées. La proposition de transaction fait office de demande officielle de procédure de transaction. Elle doit comporter une reconnaissance claire et non équivoque de la responsabilité des parties dans la commission de l'infraction reprochée et une estimation de l'amende à laquelle elles s'attendent. Les parties doivent en outre confirmer qu'elles ont eu pleine connaissance des griefs de la Commission, qu'elles ont pu faire valoir leurs observations, et qu'elles renoncent à demander l'accès au dossier ou à être entendues de nouveau, sauf si le contenu de la proposition de transaction ne se retrouvait ni dans la communication des griefs, ni dans la décision de la Commission. Les entreprises acceptent enfin de recevoir une communication des griefs et la décision finale (V. Procédure de transaction).
En présence de préoccupations de concurrence, la Commission informe les parties en cause des griefs soulevés à leur encontre en leur notifiant une communication des griefs retenus à leur encontre (Règl. 773/2004, art. 10). La communication des griefs constitue un acte préparatoire obligatoire avant d'adopter toute décision finale. Elle fixe la position de la Commission et indique les textes en application desquels elle peut statuer. Les griefs doivent être communiqués à toutes les entreprises dont les intérêts sont affectés de manière sensible par la décision de la Commission afin de les mettre en mesure de présenter leurs observations. La communication des griefs revêt une importance particulière, car elle constitue le point de départ de la procédure contradictoire. À compter de sa notification, l'application des droits de la défense est pleinement assurée aux entreprises qui peuvent, en vertu de l'article 27 du règlement 1/2003, faire valoir leur point de vue sur les griefs retenus par la Commission. La communication des griefs fixe le délai imparti aux parties concernées pour présenter leurs observations écrites, qui ne peut être inférieur à quatre semaines et peut être prorogé sur demande motivée (Règl. 773/2004, art. 17). En outre, la Commission doit permettre aux entreprises concernées d'accéder à l'ensemble des documents à charge et à décharge contenus dans le dossier, sous réserve des secrets d'affaires d'autres entreprises, des documents internes de la Commission et d'autres informations confidentielles. Les entreprises exposent dans les observations écrites tous les moyens et faits utiles à leur défense et peuvent joindre des documents susceptibles d'étayer leurs allégations (V. Communication des griefs).
A l'issue de la phase écrite de la procédure, débute la phase orale. Le respect des droits de la défense impose qu'il soit donné à chaque entreprise ou association d'entreprises intéressées la possibilité d'être entendue sur les griefs que la Commission entend retenir dans la décision finale. L'ouverture de ces auditions n'est pas automatique : les entreprises et personnes concernées doivent en faire la demande dans leurs observations écrites. Aux termes de l'article 14 du règlement 773/2004, “les auditions sont conduites en toute indépendance par le conseiller-auditeur”. Ce dernier convoque les personnes à entendre à une date qu'il fixe. Le délai de convocation peut être bref, mais doit être suffisant pour permettre aux personnes et entreprises convoquées de présenter une défense utile. Les auditions se déroulent à huis clos. Les personnes convoquées comparaissent soit elles-mêmes, soit par leurs représentants légaux ou statutaires, soit par un mandataire ad hoc. Elles peuvent être assistées d'avocats ou de professeurs de droit admis à plaider devant la Cour de justice, ou d'autres personnes qualifiées. Elles peuvent être auditionnées séparément ou en présence d'autres personnes invitées, “compte tenu de l'intérêt légitime des entreprises à ce que leurs secrets d'affaires et autres informations confidentielles ne soient pas divulguées”. Les participants à l'audition peuvent être autorisés à poser des questions durant l'audition. Il est procédé à un enregistrement des déclarations faites au cours de l'audition, qui est, à leur demande, mis à la disposition des personnes y ayant assisté, sous réserve que soit préservé le caractère secret ou confidentiel des informations recueillies. Les entreprises ne peuvent exiger la tenue de plus d'une audition pour développer leurs arguments.
La décision finale est adoptée après les auditions. Selon un principe général du droit européen, consacré par l'article 6 CEDH et repris aux articles 41 et 47 de la Charte des droits fondamentaux de l'Union, la Commission doit adopter sa décision dans un délai raisonnable.
