L'enquête préalable ne doit pas compromettre irrémédiablement les droits de la défense. Aussi, les enquêteurs sont-ils soumis à une obligation de loyauté dans la recherche de la preuve. À cette fin, ils doivent clairement informer les entreprises de l'objet de leur enquête. En effet, quel que soit le cadre légal (art. L. 450-3 ou L. 450-4 C. com.), les personnes interrogées ne peuvent être conduites à faire des déclarations sur la portée desquelles elles se méprendraient et qui pourraient être utilisées contre elles. La jurisprudence s'inspire du droit de ne pas témoigner contre soi-même ou de ne pas s'avouer coupable contenu dans le Pacte international relatif aux droits civils et politiques. Ainsi, la reconnaissance par une personne de sa participation à une pratique anticoncurrentielle est dépourvue de portée si l'objet de l'enquête ne lui a pas été clairement communiqué.
Il faut et il suffit que l'objet de la saisine soit communiqué pour que l'obligation de loyauté soit remplie. Il n'est nullement imposé ni aux rapporteurs ni aux enquêteurs de poser les mêmes questions à tous les acteurs du secteur et de communiquer les réponses de tiers ou de transmettre la lettre de saisine du ministre préalablement à une audition. L'utilisation de documents spontanément communiqués n'est pas non plus contraire au principe de loyauté. De même, le respect du principe de loyauté n'empêche pas d'entendre la personne soupçonnée d'infraction, la demande d'explications au cours de l'enquête ne pouvant être assimilée à un interrogatoire. Des personnes peuvent même être entendues à titre de témoins, et non comme accusées d'une infraction, sans que l'objet de l'enquête leur soit indiqué. Les enquêteurs peuvent également demander la communication de documents au cours de leurs investigations, dès lors que la demande de communication n'est ni générale ni imprécise et qu'elle identifie les documents visés et la période considérée. Des enregistrements de communication téléphoniques obtenus de façon déloyale, à l'insu de l'auteur des propos tenus, peuvent désormais être retenus à titre de preuve, dès lors qu'il ne s'agit pas de l'unique source de preuve (directive ECN+, considérant 73, qui marque l'abandon de la solution d'assemblée plénière du 7 janvier 2011). La retranscription d'un message téléphonique laissé sur le répondeur d'une entreprise n'a pas été qualifié de procédé de preuve déloyal. Enfin, une ordonnance d'autorisation doit être annulée lorsqu'elle repose sur des données informatiques volées ou sur des pièces communiquées en exécution d'ordonnances ultérieurement rétractées et obtenues de manière déloyale.
