Les voies de recours pouvant être exercées dans le cadre du contrôle des concentrations ne sont pas régies par le Code de commerce. Conformément au droit commun, les décisions rendues en matière de concentrations peuvent faire l'objet d'un recours pour excès de pouvoir dans la mesure où elles émanent d'une autorité administrative. Les lignes directrices consacrent la compétence exclusive du Conseil d'État pour connaître des décisions tant de l'Autorité de la concurrence que du ministre. La compétence du juge administratif n'exclut pas celle du juge civil pour faire droit à l'action en réparation d'un opérateur lésé par le non-respect des engagements auxquels était subordonnée l'autorisation d'une concentration. Le recours en annulation doit être formé dans un délai de deux mois devant le Conseil d'État qui examine la légalité interne et externe de l'acte. Il exerce un contrôle entier de la décision, qui peut l'amener à adopter une approche économique.
Toutes les décisions portant sur l'autorisation ou l'interdiction des opérations de concentration, mais aussi certaines décisions connexes, notamment en matière de publication ou d'agrément d'un repreneur d'actifs, sont susceptibles de recours. Les actes de soft law (avis, recommandations, mises en garde et prises de position) adoptés par l'Autorité dans l'exercice des missions dont elle est investie, peuvent être déférés au juge de l'excès de pouvoir lorsqu'ils revêtent le caractère de dispositions générales et impératives, ou énoncent des prescriptions individuelles dont l'autorité pourrait ultérieurement censurer la méconnaissance ou sont de nature à produire des effets notables, notamment de nature économique, ou encore ont pour objet d'influer de manière significative sur les comportements des personnes auxquelles ils s'adressent.