Les décisions de la Commission doivent, en application de l'article 296 TFUE, être motivées. L'étendue de l'obligation de motivation s'apprécie non seulement au regard du libellé de la décision et de l'ensemble des règles juridiques régissant la matière concernée, mais aussi de son contexte. La motivation doit être adaptée à la nature de l'acte et faire apparaître de façon claire et non équivoque le raisonnement de la Commission de manière à permettre aux intéressés de connaître les justifications de la mesure prise et à la Cour de justice d'exercer son contrôle. En matière d'aides d'État, l'exigence de motivation s'apprécie non seulement en fonction de l'intérêt à être informé de l'État membre destinataire mais aussi compte tenu de l'intérêt des autres personnes concernées directement et individuellement par la décision à recevoir des explications.
La décision doit permettre d'identifier clairement les mesures qualifiées d'aide d'État. La Commission ne peut se contenter de refuser de qualifier une mesure d'aide existante lorsque des décisions antérieures laissent penser qu'il s'agissait au moment de son entrée en vigueur d'une aide d'État et que la mesure pourrait recevoir cette qualification. La Commission est tenue de procéder à un examen sérieux de l'ensemble des conditions ayant présidé à la fixation du montant de l'aide. La motivation doit notamment être particulièrement précise lorsque la Commission met en œuvre, pour la première fois, une politique nouvelle et importante. Tel n'est pas le cas, en revanche, lorsqu'elle se prononce à la suite d'une plainte qui repose sur des motifs erronés dans leur principe même. La décision peut même être dépourvue de toute motivation lorsqu'elle intervient dans un contexte bien connu de l'État concerné ou qu'elle énonce les conditions de licéité visées dans les lignes directrices et fait une démonstration satisfaisante de la viabilité à long terme et du caractère proportionné des aides.
L'étendue de l'obligation de motivation, notamment lors de l'appréciation de l'incidence de la mesure d'aide sur les échanges entre États membres, dépend, pour les aides multisectorielles, des données et des éléments communiqués dans le cadre de la procédure administrative. Toutefois, l'insuffisante motivation ne peut être justifiée par le caractère fragmentaire des informations communiquées au cours de la procédure administrative, lorsque la Commission n'a pas exercé ses pouvoirs pour amener les autorités de l'État membre concerné à lui fournir les informations pertinentes. Pour satisfaire à son obligation de motiver une décision d'incompatibilité, la Commission peut se contenter d'établir que la mesure en cause est de nature à affecter les échanges entre les États membres et fausse ou menace de fausser la concurrence, sans qu'il soit nécessaire de délimiter les marchés concernés ou de procéder à une analyse économique de la situation réelle du marché, de la part de marché de l'entreprise bénéficiaire, de la position des entreprises concurrentes et des courants d'échanges en cause entre États membres.
Enfin, la Commission est tenue d'exposer au plaignant les raisons pour lesquelles les éléments de fait et de droit contenus dans sa plainte n'ont pas suffi à démontrer l'existence d'une aide d'État. La Commission n'est pas soumise à une obligation de motivation circonstanciée lorsqu'elle exerce son pouvoir d'injonction pour la restitution d'une aide illégalement versée. Elle n'est notamment pas obligée d'indiquer le montant exact de l'aide, dont elle ordonne la restitution, dès lors que sa décision comporte des indications permettant à son destinataire de le déterminer lui-même sans difficultés excessives.
