L'article 25 du règlement 1/2003 fixe la prescription en matière d'imposition des sanctions à cinq ans, et la réduit à trois ans en cas d'infraction aux dispositions relatives aux demandes de renseignements ou à l'exécution d'inspections. Aucune sanction ne peut être infligée à une entreprise dont on ne peut établir la participation à des faits remontant à moins de cinq ans avant le déclenchement de l'enquête. La prescription court à compter du jour où l'infraction a été commise ou, si l'infraction est continue ou continuée, à compter du jour où elle a pris fin. Elle peut être interrompue par tout acte de la Commission ou d'une autorité de concurrence d'un État membre, qui tend à l'instruction ou à la poursuite de l'infraction, dès lors que cet acte a été notifié à au moins une entreprise ou association d'entreprises ayant participé à l'infraction. Tel est le cas de la demande de renseignements, des inspections, de l'engagement de procédure, de la communication des griefs ou de la décision d'accorder l'immunité conditionnelle à un demandeur de clémence. Cette interruption vaut à l'égard de toutes les entreprises qui ont participé à l'infraction, y compris celles non identifiées comme telles dans la communication. La décision d'inspection de la Commission produit le même effet interruptif qui vaut à l'égard de toutes les entreprises participantes, même si elle n'a pas été notifiée à certaines d'entre elles. La prescription recommence à courir à partir de chaque interruption. Toutefois, le caractère inter partes - et non erga omnes - de l'effet suspensif de la prescription qu'attache l'article 25, paragraphe 6, du règlement 1/2003 aux procédures judiciaires, exclut que les destinataires d'une décision finale de la Commission qui n'ont pas exercé de recours en annulation bénéficient de l'effet suspensif produit par le recours d'un autre destinataire contre la même décision. La prescription est acquise au plus tard le jour où un délai égal au double du délai de prescription arrive à expiration sans que la Commission ait prononcé une amende ou astreinte. Enfin, la prescription est suspendue tant que la procédure est pendante devant la Cour de justice.
L'exécution des décisions de la Commission qui infligent une sanction (amende ou astreinte) se prescrit également par cinq ans à compter du jour où la décision est devenue définitive (Règl. 1/2003, art. 26). Elle peut être interrompue soit par la notification d'une décision modifiant le montant initial ou rejetant la demande de modification, soit par l'acte visant au recouvrement forcé. Elle est suspendue aussi longtemps qu'un délai de paiement est accordé ou qu'il est sursis à l'exécution forcée du paiement en vertu d'une décision de la Cour de justice.
Enfin, en vertu de l'article 7, paragraphe 1, in fine, du règlement 1/2003, “[l]orsque la Commission y a un intérêt légitime, elle peut également constater qu'une infraction a été commise dans le passé”. Cette disposition permet à la Commission d'établir l'existence d'une infraction prescrite, sans infliger d'amende, lorsqu'une telle mesure lui permet de renforcer le constat d'une infraction unique non prescrite.
