En vertu de l'article 263 TFUE, la Cour de justice contrôle la légalité des actes de la Commission. Depuis sa création en 1988, le Tribunal de l'Union exerce ce contrôle en première instance. Le recours en annulation d'une décision de la Commission en matière d'aides d'Etat est soumis à plusieurs conditions :
- Actes attaquables : sont en principe susceptibles d'un recours en annulation la décision de ne pas soulever d'objections, une injonction de fournir des informations, l'ouverture de la procédure formelle dans la mesure où elle implique une qualification de l'aide comme existante ou nouvelle, une décision de suspension, une décision proposant l'adoption de mesures utiles et la décision finale. Pour être qualifié d'acte attaquable, l'acte doit arrêter, de manière non équivoque, une mesure qui produit des effets juridiques affectant les intérêts des personnes concernées en modifiant leur situation juridique et qui s'impose obligatoirement à elles. Dès lors, les lettres de la Commission à caractère informatif ne constituent pas des actes susceptibles de recours, de même que les actes purement confirmatifs ou les actes préparatoires. Bien que produisant des effets juridiques, la décision de compatibilité ne fait pas grief à l'État destinataire qui ne saurait donc exercer un recours. En revanche, la lettre par laquelle la Commission décide de ne pas donner suite à une plainte et se contente d'informer le plaignant que les aides dénoncées constituent des aides existantes peut faire l'objet d'un recours dès lors qu'elle peut être assimilée à un refus implicite d'ouvrir la procédure formelle d'examen.
- Intérêt à agir : seules sont recevables à agir les personnes physiques ou morales destinataires de la décision ou celles qui sont directement et individuellement affectées par celle-ci. Tout autre requérant doit, en revanche, établir un intérêt direct et individuel à agir. Tel est le cas du bénéficiaire de l'aide et de ses concurrents. Les bénéficiaires d'une aide illégale, parfaitement identifiables lors de l'adoption de la décision d'incompatibilité, sont, par cette seule qualité, individuellement concernés. Le bénéficiaire effectif dispose d'un intérêt individuel à agir, mais pas le bénéficiaire potentiel. Dans tous les cas, le requérant doit avoir un intérêt né et actuel à l'annulation de l'acte attaqué. Tel est le cas des actionnaires minoritaires du bénéficiaire de mesures déclarées compatibles sous certaines conditions, dès lors que la décision attaquée porte atteinte à leur droit de propriété. La question est plus complexe pour les entreprises concurrentes. La qualité d'entreprise concurrente du bénéficiaire dont les intérêts pourraient être affectés suffit à lui donner qualité pour contester une décision de compatibilité prise à l'issue de la phase préliminaire, lorsque l'absence d'ouverture d'une procédure formelle ne l'a pas mis en mesure de faire valoir ses droits. En revanche, la qualité de concurrent est insuffisante à établir un intérêt à agir lorsque la décision a été adoptée à l'issue de la phase formelle d'examen. Le concurrent du bénéficiaire doit alors justifier, compte tenu de son degré éventuel de participation à la procédure et d'une affectation substantielle à sa position sur le marché, d'une situation de fait qui l'individualise d'une manière analogue à celle du destinataire. La décision d'incompatibilité peut également faire l'objet d'un recours en annulation du concurrent lorsqu'elle ne protège pas de façon adéquate sa situation juridique et laisse subsister une aide illégale. Enfin une association professionnelle, qui constitue l'une des parties intéressées énumérées à l'article 1er du règlement 2015/1589, peut se voir reconnaître un intérêt propre à agir dès lors qu'elle possède la qualité de négociatrice, au sens économique, dans le secteur concerné ou qu'elle représente soit des entreprises dont le recours aurait été individuellement recevable, soit un intérêt collectif associé à sa participation à la procédure.
- Examen du recours : l'article 263 TFUE énonce cinq moyens d'annulation, que sont l'incompétence et la violation des formes substantielles qui concernent la légalité externe de la décision, la violation d'une règle de droit, la violation du Traité et le détournement de pouvoir, qui permettent de contrôler la légalité interne. Le juge ne peut en revanche relever d'office le moyen tiré de la violation de l'article 107, paragraphe 1er, TFUE en raison de la non-imputabilité de la mesure à un État membre, dès lors que ce moyen porte sur la légalité au fond de la décision attaquée. Le large pouvoir d'appréciation dont dispose la Commission en matière de contrôle des aides d'État, dont l'exercice implique des appréciations d'ordre économique qui doivent être effectuées dans un contexte européen, limite le pouvoir du juge qui ne peut procéder qu'à un contrôle restreint. En revanche, le caractère objectif de la qualification d'aide nouvelle ou existante, au sens de l'article 107, paragraphe 1, TFUE implique un contrôle maximum du juge.
- Prescription : le point de départ du délai de recours de deux mois est, à titre principal, celui de la publication ou de la notification de l'acte, et subsidiairement celui de la date de sa prise de connaissance par le requérant. La publication sur Internet pour information, prévue à l'article 10 du règlement 794/2004, vaut publication s'agissant du point de départ du délai. Le requérant qui a eu connaissance de la décision d'incompatibilité d'une aide d'État avant sa publication bénéficie néanmoins du délai de recours de deux mois à compter de la publication. Les institutions européennes ne sont tenues d'informer les parties ni des voies de recours existantes, ni des délais pour les exercer. À l'issue de ce délai, la décision est définitive et ne peut plus être contestée.
- Effets du recours : si le recours est fondé, l'acte contesté est déclaré nul et non avenu (TFUE, art. 264). L'arrêt d'annulation a une autorité absolue. L'institution qui a pris l'acte annulé doit tirer toutes les conséquences de son annulation (art. 266), ce qui implique la prise des actes nécessaires à la pleine exécution de la décision. La Commission qui a vu une de ses décisions annulée doit nécessairement reprendre son examen à la survenance de l'illégalité. Elle est soumise, pour ce faire, au respect d'un délai raisonnable, déterminé en fonction de la complexité de l'affaire. L'annulation de la décision d'approbation initiale prive de base légale toutes les décisions prises en exécution de celle-ci. Si le requérant ne peut se prévaloir d'arguments factuels inconnus de la Commission et non signalés à celle-ci au cours de la procédure d'examen, il peut développer à l'encontre de sa décision finale un moyen juridique non soulevé au stade de la procédure administrative.
