On distingue généralement entre les informations particulièrement sensibles pour l'entreprise, couvertes par le secret d'affaires, et les renseignements confidentiels en raison de leur source, couverts par le secret professionnel. Tel est le cas de la correspondance entre un avocat et son client. Il est, en effet, traditionnellement reconnu qu'un justiciable doit avoir la possibilité de s'adresser en toute liberté à son conseil. La jurisprudence pose en principe que l'activité de consultation, antérieure à l'ouverture de l'enquête et à la saisine de l'Autorité de la concurrence, est protégée par le secret professionnel ("legal privilege"), dès lors qu'elle se rapporte directement aux pratiques sanctionnées.
Seules sont couvertes par le secret les correspondances échangées entre le client et son avocat ou entre l'avocat et ses confrères et non celles échangées entre un avocat et un expert-comptable ou directement adressées à la partie adverse. De même, il ne suffit pas de mettre un avocat en copie jointe des échanges électroniques entre deux correspondants pour les faire bénéficier de la protection des correspondances avocat-client. Le fait qu'un courriel émane d'un avocat ou l'indique comme destinataire, y compris en copie conforme, n'en interdit pas non plus la saisie s'il ne concerne pas les sociétés visées par l'ordonnance d'autorisation. En revanche, un courriel entre deux juristes d'entreprise peut également bénéficier du legal privilege même s'il n'émane pas ou n'est pas adressé à l'avocat de celle-ci, dès lors qu'il reprend une stratégie de défense mise en place par ce dernier.
La seule saisie, au cours de l'enquête, de documents couverts par le secret des correspondances avocat/client suffit à caractériser une violation des droits de la défense. Elle n'entraîne cependant qu'une nullité partielle qui n'atteint pas les autres saisies effectuées par l'Administration.
Le secret professionnel couvre également le secret des sources journalistiques. Néanmoins, un fournisseur d'accès à internet, en sa qualité d'entreprise de communication, ne peut prétendre, lorsqu'il est soumis à une enquête diligentée en vertu de l'article L. 450-4 du Code de commerce, aux garanties procédurales prévues par l'article 56-2 du Code de procédure pénale relatif aux perquisitions dans les locaux d'une entreprise de presse, dès lors que celles-ci ne s'appliquent pas aux enquêtes administratives.
De même, la Cour d'appel de Paris considère que des perquisitions effectuées dans les locaux du Conseil supérieur du notariat ne portent pas atteinte au secret professionnel des notaires, dès lors que ces locaux ne sont pas en eux-mêmes le siège d'une activité notariale.
Le secret médical est lui aussi protégé. Néanmoins, les enquêteurs peuvent, sans violer celui-ci, saisir à l'occasion d'opérations diligentées dans les locaux d'un conseil de l'ordre, des documents dont le président du conseil a lui-même préalablement occulté les informations nominatives.
