Lorsqu'elle estime que les faits constatés au cours de l'enquête sont suffisants pour justifier des poursuites, la Commission peut décider d'engager la procédure. À compter de la communication des griefs, celle-ci devient pleinement contradictoire. Le principe du contradictoire consiste à permettre à chacune des parties de discuter l'énoncé des faits et les moyens juridiques qui lui sont opposés. En vertu de l'article 27 du règlement 1/2003, l'application des droits de la défense est pleinement assurée aux entreprises dans le déroulement de la procédure : elles peuvent faire valoir leur point de vue sur les griefs retenus par la Commission, accéder au dossier, être entendues. Il apparaît donc essentiel pour l'entreprise mise en cause de savoir avec certitude si une procédure est engagée à son encontre.
En revanche, avant la communication des griefs, le principe du contradictoire ne s'applique pas. La Commission doit seulement informer les entreprises des premières mesures d'investigation qui les concernent spécifiquement. La Commission doit cependant toujours entendre l'entreprise avant de lui infliger une amende sur le fondement de l'article 23 ou une astreinte sur le fondement de l'article 24 du règlement 1/2003.
Toutefois, les droits de la défense ne doivent pas être irrémédiablement compromis lors de la procédure d'enquête préalable. Ainsi, le défendeur ne peut pas être obligé de témoigner contre lui-même ou de s'avouer coupable selon l'article 14, paragraphe 2, g, du Pacte international relatif aux droits civils et politiques. La Commission ne saurait donc imposer à l'entreprise l'obligation de fournir des réponses qui l'amèneraient à admettre l'existence de l'infraction dont il lui appartient d'établir la preuve. En revanche, l'entreprise ne peut invoquer un droit au silence absolu dans la mesure où elle est soumise lors de l'enquête à une obligation de collaboration active, dont le non-respect peut être sanctionné pécuniairement.
