En application du principe de l'opportunité des poursuites, la Commission décide seule de déclencher une enquête. Elle a, en outre, le libre choix de la mesure d'investigation. La Commission peut procéder à des enquêtes par secteurs économiques (Règl. 1/2003, art. 17), faculté qui lui permet de recueillir des informations avant de se saisir d'office des infractions présumées. Elle peut par ailleurs adresser une demande de renseignements aux gouvernements et autorités compétentes des États membres, ainsi qu'aux entreprises et associations d'entreprises (Règl. 1/2003, art. 18). Elle peut, enfin, procéder à toutes les inspections nécessaires auprès des entreprises ou associations d'entreprises (Règl. 1/2003, art. 20).
Libre, en raison de l'autonomie de ces mesures, de les utiliser dans l'ordre qu'elle souhaite, la Commission peut recourir à celle qui convient le mieux à la recherche des preuves de l'infraction présumée. Même si elle dispose déjà d'indices, voire d'éléments de preuve relatifs à l'existence d'une infraction, la Commission peut légitimement estimer nécessaire de demander des renseignements supplémentaires afin de mieux cerner l'étendue de l'infraction, sa durée ou le cercle des entreprises impliquées. Elle peut également ouvrir une nouvelle procédure d'enquête afin de compléter ou de vérifier l'exactitude des informations dont elle a eu connaissance incidemment lors d'une précédente inspection.
