Le pouvoir d'infliger des amendes confère à la Commission celui de déterminer la date d'exigibilité de l'amende et celle de la prise de cours des intérêts de retard, de fixer le taux de ces intérêts et d'arrêter les modalités d'exécution de sa décision. L'amende est exigible à l'expiration du délai fixé dans la décision.
En cas de non-paiement dans ce délai, la Commission est en droit d'exiger des intérêts de retard au taux précisé dans la décision. Elle impute discrétionnairement les paiements effectués à condition de respecter les règles ou les principes généraux du droit européen. En l'absence de texte, cette faculté est régulièrement contestée par les entreprises. L'application d'intérêts de retard est, selon le juge européen, pleinement justifiée pour éviter que, par un paiement tardif, les entreprises fassent obstacle à l'effet utile du Traité. La Commission peut même, dans le cadre de son pouvoir discrétionnaire, adopter, lors de la fixation du taux d'intérêt, un point de référence plus élevé que le taux du marché offert à un emprunteur moyen, afin de décourager les comportements dilatoires.
La Commission, qui peut infliger une amende solidaire à une filiale et à la société mère, ne doit pas, cependant, adopter une méthode de détermination de la solidarité externe qui aboutit à faire supporter le risque d'insolvabilité d'une société à une autre, lorsqu'elles ne font pas partie de la même entreprise. En revanche, lorsque tel est le cas, elle peut condamner solidairement les deux sociétés au paiement de l'amende même si leurs implications personnelles dans l'infraction ne sont pas identiques. Cependant, le pouvoir de sanction de la Commission ne s'étend pas, au-delà de la détermination de la relation externe de solidarité, à celle des quotes-parts des codébiteurs solidaires dans le cadre de leur relation interne, dont l'appréciation relève des juridictions nationales.
La Commission a la faculté, le cas échéant, d'imposer la constitution d'une garantie bancaire couvrant le montant “principal et intérêts” de l'amende. En outre, le recours formé contre la décision infligeant une amende n'a pas d'effet suspensif. L'entreprise qui forme un recours a donc le choix soit de payer l'amende à sa date d'exigibilité avec éventuellement les intérêts de retard, soit de constituer une garantie bancaire. Si le Tribunal peut modifier l'amende infligée par la Commission, il n'a pas la possibilité d'y substituer une amende nouvelle juridiquement distincte. Aussi cette modification n'a-t-elle aucune incidence sur les modalités de recouvrement fixées par la Commission, qui reste en droit d'exiger le paiement des intérêts de retard à partir de la date d'exigibilité, la charge des intérêts étant alors ramenée au montant révisé de l'amende.