L'article 108 TFUE définit la procédure de contrôle des aides d'État en distinguant selon que l'aide est existante ou nouvelle. Les aides existantes sont soumises à un examen permanent ; les aides nouvelles sont soumises à une obligation de notification à la Commission. Les dispositions du Traité sont complétées par un règlement-procédure 2015/1589 qui, tout en reprenant la classification de l'article 108 TFUE, la complète en distinguant selon que l'aide est existante, notifiée, illégale ou abusive. Le règlement général d'exemption 651/2014, qui s'inscrit dans le cadre de la modernisation de la procédure de contrôle prévue par le plan d'action de la Commission dans le domaine des aides d'État, dispense de l'obligation de notification préalable les aides nouvelles qui remplissent les critères d'exemption qu'il pose.
Pour les autres aides, la notification a pour effet de suspendre la mise à exécution de la mesure concernée jusqu'à ce que la Commission rende une décision définitive la concernant. La Commission dispose d'un délai de deux mois à compter de la réception d'une notification complète pour décider, à l'issue d'un examen préliminaire, si la mesure litigieuse est compatible avec le marché intérieur ou si elle suscite des doutes justifiant l'ouverture d'une procédure formelle. La procédure d'examen préliminaire se clôt par une décision de la Commission qui constate soit que la mesure notifiée ne constitue pas une aide, soit qu'elle ne suscite pas de doutes sérieux sur sa compatibilité. La décision de ne pas soulever d'objections doit préciser quelles dérogations du Traité elle applique. Sauf révocation, l'aide sera dès lors considérée comme existante et la décision notifiée à l'État membre concerné. Si, à l'issue du délai de deux mois, la Commission n'a pas pris de décision, l'aide est réputée autorisée et l'État membre peut la mettre à exécution, après en avoir informé la Commission.
Enfin, la Commission est susceptible d'ouvrir une procédure formelle d'examen lorsque après examen préliminaire, elle constate que la mesure notifiée suscite des doutes quant à sa compatibilité avec le marché intérieur, lorsqu'elle envisage de révoquer une décision pour inexactitude des informations communiquées, en cas d'application abusive d'une aide ou d'annulation de sa décision par le juge de l'Union. La Commission doit s'efforcer autant que possible d'adopter une décision dans un délai de dix-huit mois à compter de l'ouverture de la procédure formelle d'examen. Comme durant la phase d'examen préliminaire, la Commission peut enjoindre la suspension immédiate de la mesure, après avoir donné à l'État membre concerné la possibilité de présenter ses observations. La procédure formelle d'examen se clôt par une décision de la Commission, qui constate soit que la mesure ne constitue pas une aide, soit que l'aide est compatible ("décision positive") ou compatible sous condition ("décision conditionnelle"), soit, enfin, que la mesure est incompatible avec le marché intérieur ("décision négative").
