La Commission a le pouvoir d'auditionner les entreprises dans deux phases de la procédure de concurrence : lors de l'enquête préalable et après la communication des griefs durant la procédure administrative.
Lors de l'enquête préalable, le règlement 1/2003 reconnaît à la Commission le pouvoir de recueillir des déclarations (art. 19). La Commission peut interroger toute personne physique ou morale qui accepte de l'être aux fins de la collecte d'informations relatives à l'objet d'une enquête. Alors que l'article 19 prévoit que la Commission “peut” procéder à un enregistrement des déclarations recueillies, le juge de l'Union estime qu'il s'agit d'une obligation pour l'institution, qui se double d'une obligation de verser l'enregistrement au dossier de la procédure. Lorsque les déclarations sont recueillies dans les locaux d'une entreprise, la Commission doit en informer l'autorité de concurrence de l'État membre sur le territoire duquel l'entretien a lieu. Les agents de l'autorité de concurrence de l'État membre concerné peuvent, si celle-ci le demande, prêter assistance aux agents, et aux autres personnes les accompagnant, mandatés par la Commission pour conduire l'entretien.
Le respect des droits de la défense impose ensuite qu'il soit donné à chaque entreprise ou association d'entreprises intéressée la possibilité d'être entendue sur les griefs que la Commission entend retenir dans la décision finale. Le droit d'être entendu implique que les entreprises intéressées aient la possibilité de présenter des observations non seulement écrites, mais également orales. La Commission peut donc organiser, en complément à la phase écrite de la procédure, des auditions, conduites par le conseiller-auditeur. Le recours aux auditions n'est cependant pas systématique. Les entreprises et personnes concernées - parties, destinataires des griefs (Règl. 773/2004, art. 12), plaignants (Règl. 773/2004, art. 6) ou tiers qui justifient d'un intérêt suffisant (Règl. 773/2004, art. 13) - doivent en faire la demande dans leurs observations écrites. La Commission peut aussi donner à toute autre personne l'occasion d'exprimer oralement son point de vue.
La Commission dispose d'une marge d'appréciation raisonnable pour décider de l'intérêt que peut présenter une audition. L'intérêt à être entendu peut notamment résulter de la complexité des faits ou des questions de droit. En pratique, la Commission tend à reconnaître un tel intérêt chaque fois qu'elle envisage d'interdire un accord ou une pratique en application des articles 101 et 102 TFUE.
Une nouvelle audition n'est pas nécessaire lorsque la Commission instruit un dossier dont les actes de procédure n'ont pas été affectés par l'annulation d'une décision antérieure. En revanche, lorsque la décision antérieure est annulée pour défaut d'authentification, une nouvelle audition des entreprises est nécessaire dès lors que la décision annulée a été prise sans que celles-ci aient pu accéder à l'intégralité du dossier et exercer correctement leurs droits. Il en va de même lorsque la Commission adopte, après l'entrée en vigueur du règlement 1/2003, une nouvelle décision à la suite de l'annulation d'une décision précédente fondée sur les dispositions du Traité CECA : de nouvelles auditions en présence des autorités de concurrence des États membres s'imposent alors.
Les auditions menées durant la procédure administrative sont conduites par le conseiller-auditeur.